综合办公室是在基地主任的领导下，在分管基地领导的指导下负责基地行政事务管理的综合办事机构。
国家教育行政学院云南培训基地办公室，是设立于云南西南联大干部教育学院，承担国家教育行政学院云南培训基地具体工作的单位。
云南教育干部培训中心主要工作职责包括：积极参与并完成学院安排的各项任务与活动；负责教育部中学、小学校长培训中心，教育部幼儿园园长培训中心，教育厅相关处室布置安排并参与实施各种国际、国内教育项目。
云南省教师资格认定指导中心（以下简称中心）是在云南省教育厅和云南师范大学领导下，协助云南省教育厅实施教师资格制度的后援机构，其主要任务是根据省教育厅的统一部署和工作要求，承担实施云南省教师资格制度的研究咨询、信息服务、政策指导、证书管理和人员培训等工作。
教学科研部在基地分管副主任的领导下，负责制定符合基地特点的年度教学研究计划，指导、督促教师完成教学研究任务；组织教师团队研究党的政治理论、相关政策法规；研究干部教育培训课程，培育优秀教学成果。
教务部在基地分管副主任的领导下，负责基地培训班的教务管理工作。
